O Programa de Pós-Graduação em Matemática da Universidade Federal da Bahia (UFBA) foi criado em 1968, logo após a fundação do Instituto de Matemática.
A primeira turma do Mestrado em Matemática iniciou suas atividades em 1969, e o curso foi oficialmente aprovado pela Câmara de Ensino de Pós-Graduação e Pesquisa do Conselho de Coordenação da UFBA em 7 de abril de 1975. Desde então, o programa tem formado mestres que seguem carreira como docentes em instituições públicas e privadas ou que continuam sua trajetória acadêmica em programas de doutorado, no Brasil e no exterior, contribuindo ativamente para o desenvolvimento da Matemática no país.
O Doutorado em Matemática, oferecido em regime de associação entre a UFBA e a Universidade Federal de Alagoas (UFAL), teve sua primeira turma em 2010. O programa foi concebido com o objetivo de impulsionar as atividades acadêmicas e científicas nas duas instituições e acelerar a formação de pesquisadores e doutores na região Nordeste. Essa parceria é fruto de uma colaboração sólida entre os Institutos de Matemática da UFBA e da UFAL, construída ao longo de mais de 15 anos e fortemente apoiada pelas respectivas Pró-Reitorias de Pesquisa e Pós-Graduação.
Com a recente criação de um programa próprio de Mestrado e Doutorado na UFAL, o programa em associação encontra-se em transição para um Doutorado plenamente sediado na UFBA. A unificação do Mestrado e Doutorado em um único programa está em fase avançada de implantação.
Em 2013, o Programa de Mestrado passou a contar com uma nova área de concentração: Estatística. O objetivo inicial era fortalecer essa linha de pesquisa para, futuramente, viabilizar a criação de um programa de pós-graduação independente. Essa meta foi plenamente alcançada, com o lançamento bem-sucedido do Programa de Pós-Graduação em Estatística, cuja primeira turma teve início no segundo semestre de 2024.
O corpo docente dos programas acadêmicos se destaca por seu alto grau de internacionalização. A maioria dos professores realizou doutorado ou pós-doutorado no exterior — ou é oriunda de instituições internacionais —, o que enriquece o ambiente acadêmico com diferentes perspectivas e experiências. Além disso, a qualidade da produção científica do programa tem apresentado crescimento contínuo nos últimos anos, consolidando-se como uma referência no cenário nacional.